Les poissons, bioindicateurs de l'état des eaux

Les poissons sont des bioindicateurs particulièrement parlants de l’état des eaux. Réalisés avec une méthodologie améliorée, les nouveaux relevés piscicoles démontrent un état écologique non satisfaisant dans près des trois quarts des cours d’eau suisses étudiés : le signe très clair de la nécessité de renforcer notre action en faveur des milieux aquatiques.

PASCAL VONLANTHEN ET NICOLAS ACHERMANN

Un bon bioindicateur doit livrer des informations sur l’état de l’écosystème, mettre en évidence les effets négatifs des activités anthropiques, révéler les évolutions au fil du temps et pouvoir servir au contrôle de l’efficacité des mesures de restauration écologique, comme la revitalisation des cours d’eau. La communauté piscicole a fait ses preuves sur tous ces points. Elle se comporte d’autre part comme un indicateur intégratif dans la mesure où elle reflète l’effet de divers facteurs environnementaux.

Une méthodologie améliorée
Les poissons vivent longtemps et accumulent donc les effets des contraintes qu’ils subissent pendant une longue période. S’étant adaptés à différentes niches écologiques, ils exploitent un large spectre de ressources alimentaires. Ils ont d’autre part différentes exigences en termes de qualité de l’eau, et les besoins en termes d’habitat varient en fonction des espèces, des stades de développement chez une même espèce, de la période du jour (jour/nuit) et de la saison. Nous connaissons bien aujourd’hui les exigences des différentes espèces de poissons, ce qui nous permet de les utiliser efficacement comme indicateurs de l’état des eaux.

Les poissons sont utilisés en Suisse et à l’étranger depuis des décennies pour l’appréciation de la qualité des eaux. Dès 2004, le système modulaire gradué suisse se dotait ainsi d’une méthode d’évaluation fondée sur les poissons. Après vingt ans d’utilisation, cette méthode se devait toutefois d’être actualisée.

En se fondant sur les données de 1300 pêches d’inventaire effectuées en Suisse ces quarante dernières années, et rassemblées pour la première fois dans la base de données d’info fauna, le système d’appréciation a été optimisé en 2024.

La méthode d’acquisition des données a, elle aussi, été actualisée. Elle exige maintenant de procéder par pêche exhaustive. Dans ce type de relevé, un tronçon de rivière est clôturé par des barrières et les poissons qui s’y trouvent sont capturés en plusieurs passages successifs de pêche électrique. Pour chaque espèce, le nombre d’individus, la biomasse et la distribution des tailles peuvent ainsi être déterminés. Les poissons capturés et mesurés sont relâchés après le relevé.

La première application de la nouvelle méthode à l’échelle de la Suisse s’est faite dans le cadre de NAWA et a montré qu’elle était facile à utiliser et applicable à tous les cours d’eau. Les expertes et experts ont jugé les résultats pertinents et cohérents. Une analyse considérant les facteurs environnementaux a d’autre part montré que la note attribuée à un cours d’eau donné pour son état général dépendait étroitement des activités humaines dans son bassin versant.

Cette nouvelle méthode sera désormais utilisée aussi bien pour le suivi de longue durée des populations de poissons que pour le contrôle des effets des revitalisations et des assainissements de la force hydraulique. Les seuls milieux auxquels elle n’est pas applicable sont les fleuves, grandes rivières et les lacs qui, en raison de leur grande profondeur, ne se prêtent pas à la pêche exhaustive.

Un état écologique insatisfaisant
Grâce à ce genre de méthodes, nous savons aujourd’hui qu’en Suisse, un nombre particulièrement élevé d’espèces de poissons sont en danger ou menacées d’extinction (fig. 1). Toutefois, le statut de menace à l’échelle nationale ne donne qu’une indication partielle de l’état écologique des différents cours d’eau et de l’ampleur de l’écart par rapport à l’état naturel. Les relevés de NAWA montrent maintenant que près des trois quarts des tronçons étudiés sont dans un état écologique insatisfaisant au regard du peuplement pisciaire. On observe fréquemment un net déficit de densité d’individus et de biomasse chez les espèces typiques des sites concernés. Dans près de la moitié des cours d’eau, une part importante des espèces devant être présentes à l’état naturel fait par ailleurs défaut. Enfin, la pyramide des âges des espèces présentes affiche de nets déséquilibres dans près des deux tiers des cours d’eau.

La comparaison des relevés effectués de 2012 à 2023 montre une très légère amélioration de l’état des eaux … qui reste cependant à un niveau préoccupant. Les populations qui ont progressé sont alors surtout celles d’espèces peu sensibles. À l’inverse, beaucoup d’espèces sensibles, souvent tributaires d’eaux fraîches en été, ont régressé.

Redoubler d'efforts pour nos cours d'eau
Ainsi, l’état des eaux ne répond souvent pas aux exigences minimales fixées par la loi. Une chose est donc claire : nous devons en faire davantage pour nos cours d’eau et leur faune. Les solutions existent déjà.

Bien que les poissons soient particulièrement menacés, il n’existe ainsi aujourd’hui en Suisse pas une seule zone protégée d’importance nationale qui leur soit dédiée. La qualité de l’eau doit être améliorée, les cours d’eau doivent être revitalisés et leur dynamique restaurée (transport du bois mort et des sédiments, notamment), et ils ont besoin de beaucoup plus d’espace. Mais, d’un point de vue hydrologique aussi, des améliorations sont encore nécessaires. La rétention naturelle de l’eau, telle qu’elle intervient dans le concept de paysage éponge, doit être favorisée et les effets négatifs de l’exploitation de la force hydraulique sur les possibilités de migration des poissons et sur l’hydrologie des cours d’eau doivent être fortement atténués.

Comme en témoigne l’activité de revitalisation des eaux et d’assainissement de la force hydraulique, certaines questions sont abordées plus sérieusement aujourd’hui qu’il y a, ne serait-ce qu’une vingtaine d’années. Pourtant, la volonté politique d’aller plus loin fait le plus souvent défaut, alors que cela serait urgent et nécessaire. Le Conseil fédéral en a lui-même livré un exemple parfait tout récemment : à l’encontre de toutes les recommandations des spécialistes de l’environnement, des pesticides problématiques restent par exemple autorisés, ce qui affaiblit la protection des eaux. Cette vision à court terme aura des conséquences pour notre environnement et, en particulier, pour nos cours d’eau, les améliorations obtenues d’un côté étant directement neutralisées par ailleurs.

Pascal Vonlanthen et Nicolas Achermann sont spécialistes de l’écologie des eaux et des poissons. Pascal Vonlanthen dirige le bureau d’études Aquabios SA à Cordast, Nicolas Achermann dirige la société Fischwerk Sàrl à Lucerne.

Contact : p.vonlanthen@aquabios.ch, nicolas.achermann@fischwerk.ch